ECOLOGIE
Ce sont des bactéries de l’environnement, capables d’utiliser une grande variété de substrats comme source de carbone, ce qui leur confère un habitat très large. Elles sont retrouvées dans le sol, les eaux et les boues et sont capable de persister longtemps dans un environnement défavorable. Acinetobacter baumannii vit fréquemment au sein de la flore cutanée; normale de l’Homme (20 à 25 % des individus sains sont porteurs dans le creux axillaire, le pli inguinal) et accessoirement de la flore pharyngée.
ECOLOGIE
Les Bacillus sont des bactéries de l’environnement largement répandues. On trouve ces germes dans la terre, l’eau, l’air, sur les plantes, etc. Les Bacillus ne font pas partie des flores commensales de l’Homme ou des animaux mais sont des hôtes de passage du fait des contaminations provenant de l’environnement.
ECOLOGIE
Brucella est une bactérie relativement fragile dans le milieu extérieur et donc qui survit plus souvent dans l’organisme des animaux infectés que dans l’environnement. Les différentes sous-espèces montrent chacune un pouvoir pathogène pour un hôte préférentiel mais non exclusif. Trois sous-espèces sont retrouvées en pathologie humaine : Brucella melitensis normalement pathogène pour les ovins et les caprins, Brucella abortus pathogène pour les bovins et Brucella suis pour les porcins. Chez ces animaux, l’infection par Brucella provoque un avortement des femelles gravides. Les bactéries présentes en grande quantité dans les produits de l’avortement, le placenta, le lait et dans l’environnement des animaux contaminés (fumier, étable), restent vivantes de quelques jours à quelques semaines dans ces produits qui sont à l’origine de nouvelles contaminations des troupeaux. À cette occasion, elles peuvent être aussi transmises à des hôtes non habituels, dont l’Homme.
ECOLOGIE
Cette bactérie présente un habitat mixte : c’est l’anaérobie le plus répandu dans l’environnement (sol, eau, air, poussières), mais c’est aussi un commensal des flores de l’intestin, du vagin ou des voies aériennes supérieures de l’Homme et des animaux. Capable de tolérer une semi-anaérobiose, il contamine fréquemment certains aliments (viande, lait, fruits, légumes) et sa présence dans les eaux est un critère de contamination fécale.
En plus de Clostridium perfringens, le genre Clostridium comprend de nombreuses espèces moins fréquemment retrouvées dans des pathologies humaines invasives, comme Clostridium septicum, Clostridium novyi, Clostridium oedematiens, Clostridium sporogenes, Clostridium histolyticum, Clostridium fallax, Clostridium bifermentans ; par ailleurs, on trouve dans le même genre des espèces toxinogènes, comme Clostridium tetani, Clostridium botulinum, Clostridium difficile.
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les sols et les flores commensales des animaux et de l’Homme, responsable du botulisme, intoxication alimentaire se traduisant par des paralysies des muscles lisses.
Clostridium botulinum est l’agent d’une intoxication alimentaire, le botulisme. Cette bactérie est présente dans un habitat mixte, les sols et les flores commensales des animaux et de l’Homme.
Dans le cas le plus fréquent, la maladie humaine n’est pas due à la bactérie mais à l’ingestion de sa toxine. Très sensible à l’oxygène, Clostridium botulinum prolifère dans certains aliments lorsqu’un degré d’anaérobiose suffisant le permet : c’est le cas de conserves industrielles ou ménagères, de charcuteries non cuites (jambon), de poissons fumés. Dans certaines conditions (concentration optimale en fer), Clostridium botulinum sécrète une toxine dans ces aliments. Cette toxine est thermolabile et donc détruite par la chaleur. Aussi, l’intoxication ne peut se produire que par ingestion de produits contaminés non chauffés.
La toxine, absorbée par la muqueuse intestinale, diffuse jusqu’aux synapses du système nerveux végétatif. Elle bloque la transmission de l’influx nerveux, par inhibition de la libération d’acétylcholine par les vésicules synaptiques. L’intoxication se traduira par une paralysie des muscles lisses essentiellement, commençant par les muscles oculaires intrinsèques et extrinsèque (diplopie).
Le diagnostic, le plus souvent clinique, est aidé par la recherche et le typage de la toxine dans les aliments et de la toxine circulante par injection à l’animal, mais cette technique est longue.
La prévention repose sur la surveillance de la fabrication des conserves. Effective pour l’industrie alimentaire, cette surveillance a fait diminuer fortement la fréquence du botulisme. Ceci explique que cette maladie s’observe le plus souvent après ingestion de conserves de ménage. Le botulisme est une maladie infectieuse à déclaration obligatoire.
Le traitement en service de réanimation est surtout symptomatique. Il peut être aidé par l’injection d’antitoxines.
CLOSTRIDIUM TETANI
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les sols et les poussières, responsable du tétanos. Production d’une toxine protéique neurotrope dont l’effet est l’accroissement de la tonicité musculaire.
Le tétanos est secondaire à l’introduction dans l’organisme de spores de Clostridium tetani consécutive à un traumatisme. Si l’anaérobiose est suffisante (plaies profondes, multiplication de bactéries aérobies associées), les formes végétatives apparaissent par germination des spores. Cependant, la multiplication bactérienne reste localisée à la porte d’entrée, la maladie est uniquement due à la toxine. La toxine, libérée au cours de la multiplication entre par endocytose par les terminaisons nerveuses du site infecté, puis gagne par voie axonale les synapses situées entre le motoneurone a et les neurones des voies inhibitrices. Elle empêche la libération d’inhibiteurs du motoneurone (glycine, GABA) et provoque une paralysie spastique. Cela se traduira par une augmentation générale du tonus musculaire, entraînant une raideur et des spasmes. La faible concentration de la toxine circulante empêchant sa détection, le diagnostic est uniquement clinique.
La thérapeutique utilise des sérums antitétaniques d’origine humaine. Elle est surtout basée sur le traitement symptomatique en service de réanimation.
La prévention passe avant tout par la vaccination par l’anatoxine tétanique. La protection est prolongée. La prévention nécessite aussi le nettoyage et le soin des plaies, même celles de petite taille qui sont trop souvent négligées.
CLOSTRIDIUM DIFFICILE
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les flores commensales des animaux et de l’Homme, responsable de diarrhées post-antibiothérapie.
Clostridium difficile est responsable du quart des diarrhées se manifestant après une antibiothérapie, principalement par les lincosamides mais aussi les ß-lactamines, aminopénicilline ou céphalosporine. Une forme grave de ces diarrhées est la colite pseudomembraneuse. La bactérie est un commensal du tube digestif de l’Homme et des animaux. Elle synthétise deux toxines, une entérotoxine et une cytotoxine, participant toutes deux à l’atteinte digestive. Le diagnostic étiologique est affirmé par la mise en évidence des toxines de Clostridium difficile dans les selles. Les glycopeptides utilisés jusqu’à maintenant comme thérapeutique sont de plus en plus souvent remplacés par le métronidazole
ECOLOGIE
D’une façon générale, ces entérobactéries liées à l’hospitalime sont présentes dans la nature en particulier dans le tube digestif et les cavités naturelles des animaux et de l’Homme. Il existe aussi des bactéries du même type dans l’environnement où elles peuvent proliférer sur des zones riches en humus ou en débris végétaux. D’un point de vue médical, l’habitat le plus important de ces entérobactéries sont les services où une activité médicale lourde et complexe a lieu (réanimation, chirurgie, urologie, etc.).
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Les Escherichia coli ou colibacilles sont des hôtes normaux de l’intestin : ils représentent près de 80 % de la flore intestinale aérobie de l’adulte (flore sous-dominante, car la flore dominante est à 99 % anaérobie). On peut les retrouver également au niveau de diverses muqueuses chez l’Homme et chez les animaux. Le nouveau-né est ensemencé lors de l’accouchement par contact avec la flore cutanée; périnéale qui provient de la flore fécale. La flore buccale de l’enfant nouveau-né comporte régulièrement Escherichia coli, la colonisation rapide du tube digestif en découle. Cet ensemencement est proportionnel à la durée de l’accouchement, en particulier au délai entre la rupture des membranes et la naissance, il est tout à fait inévitable dans les conditions naturelles. L’acquisition d’Escherichia coli est aussi inévitable à court terme pour les enfants nés par césarienne. Dans ce cas la contamination initiale est apportée par le contact avec la mère ou le personnel et provient essentiellement d’autres nouveau-nés porteurs du germe. La mère transmet à l’enfant ses variétés personnelles d’Escherichia coli et le portage intestinal sera dès lors continu. La présence d’Escherichia coli est ainsi constante mais ce ne sont pas les souches initiales qui perdureront. Le ou les quelques types sérologiques (l’espèce considérée peut être subdivisée en types sérologiques selon la composition chimique de la surface bactérienne) varieront au cours de la vie, en grande partie du fait de la rencontre de l’individu avec des sources extérieures de ce germe. Les repas pris à la maison avec une certaine monotonie agissent comme stabilisant sur la composante Escherichia coli de la flore fécale ; a contrario des variations de régime (vacances exotiques ou séjour à l’hôpital) peuvent profondément modifier le contenu en colibacilles de l’intestin et permettre l’implantation de types sérologiques jusqu’alors absents, ou l’émergence d’un nouveau type sérologique dominant. La présence des Escherichia coli dans le milieu environnant ou dans les aliments signe une contamination fécale, mais pas obligatoirement une contamination humaine : tous les animaux à sang chaud abritent Escherichia coli.
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Les Listeria sont des bactéries ubiquitaires. Ce sont tout d’abord des bactéries telluriques, de distribution mondiale, très répandues dans l’environnement (sol, végétaux, eaux douces et salées). Elles sont très résistantes au milieu extérieur (plusieurs années à +4°C). Ce sont aussi des hôtes des êtres vivants : on retrouve un portage intestinal asymptomatique des Listeria chez 5 à 30 % des animaux et de l’Homme. Elles sont aussi retrouvées chez les poissons et les invertébrés. Ce sont enfin des bactéries des aliments. Listeria monocytogenes est fréquente dans les produits laitiers souvent fortement contaminés : lait cru (45 % de contamination), fromages tant au lait cru qu’au lait pasteurisé. La pasteurisation correctement réalisée détruit les Listeria : la contamination après pasteurisation est imputable au défaut d’hygiène lors de l’affinage. On constate une contamination importante au niveau de la croûte. On retrouve également Listeria monocytogenes dans les produits carnés (contamination de 41 % des viandes hachées surgelées, 32 % des produits de charcuterie crue, 60 % des poissons fumés) ainsi que dans les produits de la mer et les légumes, salades ou champignons. Cette bactérie est un psychrophile se développant à une température inférieure à 4° C, d’où les problèmes pour la conservation prolongée des produits alimentaires. Les autres Listeria retrouvées à plus faible fréquence dans les produits alimentaires appartiennent par ordre décroissant aux espèces non pathogènes pour l’Homme Listeria innocua, Listeria seeligeri, Listeria welshimeri et Listeria ivanovii.
De nombreuses espèces de l’environnement ou commensales des animaux, dites mycobactéries atypiques, sont à l’origine d’infections humaines opportunistes. L’une d’elles, Mycobacterium avium, est responsable de la tuberculose aviaire et d’infections systématiques chez l’immunodéprimé (SIDA).
ECOLOGIE
Pathogène spécifique de l’Homme, mais capable d’infecter certaines espèces animales vivant à ses côtés (chat, chien, singe, perroquet), Mycobacterium tuberculosis n’est pas présent dans l’environnement sauf en cas de contamination accidentelle par l’Homme infecté. Il est très sensible à certains agents physiques : chaleur, lumière solaire, rayons X ou UV. Il résiste bien au froid et à la dessiccation et peut demeurer vivant plusieurs jours dans des produits contaminés, tels des produits d’expectorations. Il est peu sensible à de nombreux agents chimiques, tels que les acides et bases dilués ou détergents divers. En revanche, il est tué rapidement par l’alcool dilué (alcool à 70°). La dénomination exacte devrait être “à coloration acido et alcoolo résistante” : la résistance à l’action de l’alcool ne concerne donc que la coloration selon Ziehl.
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Ce sont des bactéries pathogènes spécifiques du tube digestif, qui ne se rencontrent que chez l’Homme. Les Shigella sont les agents d’infections intestinales, dont la forme la plus grave est représentée par la dysenterie bacillaire. La transmission est féco-orale à partir des malades ou des porteurs sains.
ECOLOGIE
Les Salmonella, ou salmonelles, sont très largement répandues dans la nature et leur réservoir s’étend à tout le règne animal, en particulier les volailles. Elles sont présentes dans le tube digestif des malades et des porteurs sains, chez l’Homme et chez les animaux, qui contaminent le milieu extérieur par leurs excreta. Ces bactéries pathogènes spécifiques provoquent des maladies à la suite de l’absorption d’eau ou d’aliments contaminés par des excréments (contamination de type féco-orale). Les salmonelles sont une cause majeure de mortalité infantile dans les pays en voie de développement et constituent un risque permanent dans les pays industrialisés.
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