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الوسم: bacteries
Le peptidoglycane est en couche mince et peu dense, les liaisons interpeptidiques sont peu nombreuses surtout à proximité de la membrane cytoplasmique ; vers la périphérie le “gel polysaccharidique” devient plus rigide. Cette couche très hydrophile constitue un élément essentiel connu sous le nom d’espace périplasmique (en fait espace virtuel).
Au delà existe une structure originale composée d’une alternance de zones hydrophobes et hydrophiles : le membrane externe.
Le constituant essentiel de cette membrane est un lipide complexe couplé à la glucosamine et à des résidus phosphore, le lipide A. Le lipide A est ainsi amphophile (il possède une partie hydrophobe et une partie hydrophile), cette propriété est essentielle au pouvoir toxique liée à la membrane externe et au lipide A en particulier : il y a pratiquement analogie entre les appellations “endotoxine”, “lipide A” et “membrane externe”. Sur les résidus glucosamine, des polysaccharides complexes sont fixés et forment la partie la plus externe de la paroi. Ces polysaccharides sont essentiels pour la physiologie bactérienne, ils sont spécifiques de sous-espèces ou de type et comportent des sucres originaux. Vers l’intérieur de la paroi on trouve des phospholipides. De l’extérieur vers l’intérieur la membrane est donc successivement hydrophile (polysaccharide complexe), hydrophobe (lipide A et lipides des phospholipides), hydrophile (têtes hydrophiles des phospholipides). Un grand nombre de molécules d’une lipoprotéine assure la liaison phospholipides-peptidoglycane.
Dans la membrane externe se trouvent enchassées des protéines, dont une zone est hydrophobe, qui assurent la cohésion de la membrane, une liaison avec le peptidoglycane et des fonctions diverses de perméabilité sélective ou non. Ces porines, seules structures de transport des composés hydrophiles, sont essentielles à la vie de la bactérie mais aussi à l’action de certains antibiotiques. Enfin d’autres protéines servent à la captation d’ions (par exemple du Fer), ou de vitamines et d’autres protéines sont des enzymes.
Si les seuls antibiotiques agissant au niveau de la membrane externe sont les polymyxines, celle ci est indispensable au fonctionnement de tous les antibiotiques hydrophiles qui doivent pénéter via les porines dans la bactérie. La membrane externe est aussi le site d’action essentiel des antiseptiques.
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التصنيفات
Les bacteries
ACINETOBACTER
Minidéfinition : bacilles à Gram négatif aérobies stricts largement présents dans l’environnement. Évolution rapide vers la résistance à la majorité des antibiotiques utilisés couramment. Rôle majeur dans l’infection nosocomiale.
ECOLOGIE
Ce sont des bactéries de l’environnement, capables d’utiliser une grande variété de substrats comme source de carbone, ce qui leur confère un habitat très large. Elles sont retrouvées dans le sol, les eaux et les boues et sont capable de persister longtemps dans un environnement défavorable. Acinetobacter baumannii vit fréquemment au sein de la flore cutanée; normale de l’Homme (20 à 25 % des individus sains sont porteurs dans le creux axillaire, le pli inguinal) et accessoirement de la flore pharyngée.
BACILLUS ANTHRACIS ET BACILLUS CEREUS
Minidéfinition : bacilles à Gram positif sporulés présents dans l’environnement. Pouvoir pathogène important pour Bacillus anthracis, agent du charbon. Toxi-infections alimentaires pour Bacillus cereus. Suppurations diverses pour Bacillus cereus et quelques autres Bacillus.
ECOLOGIE
Les Bacillus sont des bactéries de l’environnement largement répandues. On trouve ces germes dans la terre, l’eau, l’air, sur les plantes, etc. Les Bacillus ne font pas partie des flores commensales de l’Homme ou des animaux mais sont des hôtes de passage du fait des contaminations provenant de l’environnement.
ECOLOGIE
Les Bacillus sont des bactéries de l’environnement largement répandues. On trouve ces germes dans la terre, l’eau, l’air, sur les plantes, etc. Les Bacillus ne font pas partie des flores commensales de l’Homme ou des animaux mais sont des hôtes de passage du fait des contaminations provenant de l’environnement.
BRUCELLA
Minidéfinition : Petit bacille à Gram négatif pathogène essentiellement pour les animaux et occasionnellement pour l’Homme. Les brucelloses sont des anthropozoonoses. Localisation intracellulaire.
ECOLOGIE
Brucella est une bactérie relativement fragile dans le milieu extérieur et donc qui survit plus souvent dans l’organisme des animaux infectés que dans l’environnement. Les différentes sous-espèces montrent chacune un pouvoir pathogène pour un hôte préférentiel mais non exclusif. Trois sous-espèces sont retrouvées en pathologie humaine : Brucella melitensis normalement pathogène pour les ovins et les caprins, Brucella abortus pathogène pour les bovins et Brucella suis pour les porcins. Chez ces animaux, l’infection par Brucella provoque un avortement des femelles gravides. Les bactéries présentes en grande quantité dans les produits de l’avortement, le placenta, le lait et dans l’environnement des animaux contaminés (fumier, étable), restent vivantes de quelques jours à quelques semaines dans ces produits qui sont à l’origine de nouvelles contaminations des troupeaux. À cette occasion, elles peuvent être aussi transmises à des hôtes non habituels, dont l’Homme.
CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les sols et les flores commensales de l’Homme et des animaux, responsable de gangrènes gazeuses post-traumatiques, de toxi-infections alimentaires et d’entérites nécrosantes.
ECOLOGIE
Cette bactérie présente un habitat mixte : c’est l’anaérobie le plus répandu dans l’environnement (sol, eau, air, poussières), mais c’est aussi un commensal des flores de l’intestin, du vagin ou des voies aériennes supérieures de l’Homme et des animaux. Capable de tolérer une semi-anaérobiose, il contamine fréquemment certains aliments (viande, lait, fruits, légumes) et sa présence dans les eaux est un critère de contamination fécale.
En plus de Clostridium perfringens, le genre Clostridium comprend de nombreuses espèces moins fréquemment retrouvées dans des pathologies humaines invasives, comme Clostridium septicum, Clostridium novyi, Clostridium oedematiens, Clostridium sporogenes, Clostridium histolyticum, Clostridium fallax, Clostridium bifermentans ; par ailleurs, on trouve dans le même genre des espèces toxinogènes, comme Clostridium tetani, Clostridium botulinum, Clostridium difficile.
CLOSTRIDIUM TOXINOGENES
CLOSTRIDIUM BOTULINUM
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les sols et les flores commensales des animaux et de l’Homme, responsable du botulisme, intoxication alimentaire se traduisant par des paralysies des muscles lisses.
Clostridium botulinum est l’agent d’une intoxication alimentaire, le botulisme. Cette bactérie est présente dans un habitat mixte, les sols et les flores commensales des animaux et de l’Homme.
Dans le cas le plus fréquent, la maladie humaine n’est pas due à la bactérie mais à l’ingestion de sa toxine. Très sensible à l’oxygène, Clostridium botulinum prolifère dans certains aliments lorsqu’un degré d’anaérobiose suffisant le permet : c’est le cas de conserves industrielles ou ménagères, de charcuteries non cuites (jambon), de poissons fumés. Dans certaines conditions (concentration optimale en fer), Clostridium botulinum sécrète une toxine dans ces aliments. Cette toxine est thermolabile et donc détruite par la chaleur. Aussi, l’intoxication ne peut se produire que par ingestion de produits contaminés non chauffés.
La toxine, absorbée par la muqueuse intestinale, diffuse jusqu’aux synapses du système nerveux végétatif. Elle bloque la transmission de l’influx nerveux, par inhibition de la libération d’acétylcholine par les vésicules synaptiques. L’intoxication se traduira par une paralysie des muscles lisses essentiellement, commençant par les muscles oculaires intrinsèques et extrinsèque (diplopie).
Le diagnostic, le plus souvent clinique, est aidé par la recherche et le typage de la toxine dans les aliments et de la toxine circulante par injection à l’animal, mais cette technique est longue.
La prévention repose sur la surveillance de la fabrication des conserves. Effective pour l’industrie alimentaire, cette surveillance a fait diminuer fortement la fréquence du botulisme. Ceci explique que cette maladie s’observe le plus souvent après ingestion de conserves de ménage. Le botulisme est une maladie infectieuse à déclaration obligatoire.
Le traitement en service de réanimation est surtout symptomatique. Il peut être aidé par l’injection d’antitoxines.
CLOSTRIDIUM TETANI
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les sols et les poussières, responsable du tétanos. Production d’une toxine protéique neurotrope dont l’effet est l’accroissement de la tonicité musculaire.
Le tétanos est secondaire à l’introduction dans l’organisme de spores de Clostridium tetani consécutive à un traumatisme. Si l’anaérobiose est suffisante (plaies profondes, multiplication de bactéries aérobies associées), les formes végétatives apparaissent par germination des spores. Cependant, la multiplication bactérienne reste localisée à la porte d’entrée, la maladie est uniquement due à la toxine. La toxine, libérée au cours de la multiplication entre par endocytose par les terminaisons nerveuses du site infecté, puis gagne par voie axonale les synapses situées entre le motoneurone a et les neurones des voies inhibitrices. Elle empêche la libération d’inhibiteurs du motoneurone (glycine, GABA) et provoque une paralysie spastique. Cela se traduira par une augmentation générale du tonus musculaire, entraînant une raideur et des spasmes. La faible concentration de la toxine circulante empêchant sa détection, le diagnostic est uniquement clinique.
La thérapeutique utilise des sérums antitétaniques d’origine humaine. Elle est surtout basée sur le traitement symptomatique en service de réanimation.
La prévention passe avant tout par la vaccination par l’anatoxine tétanique. La protection est prolongée. La prévention nécessite aussi le nettoyage et le soin des plaies, même celles de petite taille qui sont trop souvent négligées.
CLOSTRIDIUM DIFFICILE
Minidéfinition : bacille à Gram positif, anaérobie, sporulé, présent dans les flores commensales des animaux et de l’Homme, responsable de diarrhées post-antibiothérapie.
Clostridium difficile est responsable du quart des diarrhées se manifestant après une antibiothérapie, principalement par les lincosamides mais aussi les ß-lactamines, aminopénicilline ou céphalosporine. Une forme grave de ces diarrhées est la colite pseudomembraneuse. La bactérie est un commensal du tube digestif de l’Homme et des animaux. Elle synthétise deux toxines, une entérotoxine et une cytotoxine, participant toutes deux à l’atteinte digestive. Le diagnostic étiologique est affirmé par la mise en évidence des toxines de Clostridium difficile dans les selles. Les glycopeptides utilisés jusqu’à maintenant comme thérapeutique sont de plus en plus souvent remplacés par le métronidazole
ENTEROBACTERIACEAE des INFECTIONS NOSOCOMIALES
Minidéfinition : Bactéries de l’environnement humain ou animal (tube digestif). Exceptionnellement responsables d’infections spontanées. Responsables des infections nosocomiales. Large tendance vers l’acquisition de résistance aux antibiotiques.
ECOLOGIE
ECOLOGIE
D’une façon générale, ces entérobactéries liées à l’hospitalime sont présentes dans la nature en particulier dans le tube digestif et les cavités naturelles des animaux et de l’Homme. Il existe aussi des bactéries du même type dans l’environnement où elles peuvent proliférer sur des zones riches en humus ou en débris végétaux. D’un point de vue médical, l’habitat le plus important de ces entérobactéries sont les services où une activité médicale lourde et complexe a lieu (réanimation, chirurgie, urologie, etc.).
ESCHERICHIA COLI
Minidéfinition : entérobactérie de l’intestin et de l’environnement humain ou animal (tube digestif). Responsables d’infections spontanées des voies urinaires et de gastro-entérites. Responsables aussi d’infections nosocomiales. C’est la bactérie pathogène la plus fréquemment retrouvée. Tendance vers l’acquisition de résistance aux antibiotiques.
ECOLOGIE
ECOLOGIE
Les Escherichia coli ou colibacilles sont des hôtes normaux de l’intestin : ils représentent près de 80 % de la flore intestinale aérobie de l’adulte (flore sous-dominante, car la flore dominante est à 99 % anaérobie). On peut les retrouver également au niveau de diverses muqueuses chez l’Homme et chez les animaux. Le nouveau-né est ensemencé lors de l’accouchement par contact avec la flore cutanée; périnéale qui provient de la flore fécale. La flore buccale de l’enfant nouveau-né comporte régulièrement Escherichia coli, la colonisation rapide du tube digestif en découle. Cet ensemencement est proportionnel à la durée de l’accouchement, en particulier au délai entre la rupture des membranes et la naissance, il est tout à fait inévitable dans les conditions naturelles. L’acquisition d’Escherichia coli est aussi inévitable à court terme pour les enfants nés par césarienne. Dans ce cas la contamination initiale est apportée par le contact avec la mère ou le personnel et provient essentiellement d’autres nouveau-nés porteurs du germe. La mère transmet à l’enfant ses variétés personnelles d’Escherichia coli et le portage intestinal sera dès lors continu. La présence d’Escherichia coli est ainsi constante mais ce ne sont pas les souches initiales qui perdureront. Le ou les quelques types sérologiques (l’espèce considérée peut être subdivisée en types sérologiques selon la composition chimique de la surface bactérienne) varieront au cours de la vie, en grande partie du fait de la rencontre de l’individu avec des sources extérieures de ce germe. Les repas pris à la maison avec une certaine monotonie agissent comme stabilisant sur la composante Escherichia coli de la flore fécale ; a contrario des variations de régime (vacances exotiques ou séjour à l’hôpital) peuvent profondément modifier le contenu en colibacilles de l’intestin et permettre l’implantation de types sérologiques jusqu’alors absents, ou l’émergence d’un nouveau type sérologique dominant. La présence des Escherichia coli dans le milieu environnant ou dans les aliments signe une contamination fécale, mais pas obligatoirement une contamination humaine : tous les animaux à sang chaud abritent Escherichia coli.
LISTERIA MONOCYTOGENES
Minidéfinition : Petit bacille à Gram positif, ubiquitaire, agent de la listériose, maladie commune à l’Homme et à de nombreuses espèces animales et responsable d’avortements, de septicémies et de méningites. La transmission est alimentaire.
ECOLOGIE
Les Listeria sont des bactéries ubiquitaires. Ce sont tout d’abord des bactéries telluriques, de distribution mondiale, très répandues dans l’environnement (sol, végétaux, eaux douces et salées). Elles sont très résistantes au milieu extérieur (plusieurs années à +4°C). Ce sont aussi des hôtes des êtres vivants : on retrouve un portage intestinal asymptomatique des Listeria chez 5 à 30 % des animaux et de l’Homme. Elles sont aussi retrouvées chez les poissons et les invertébrés. Ce sont enfin des bactéries des aliments. Listeria monocytogenes est fréquente dans les produits laitiers souvent fortement contaminés : lait cru (45 % de contamination), fromages tant au lait cru qu’au lait pasteurisé. La pasteurisation correctement réalisée détruit les Listeria : la contamination après pasteurisation est imputable au défaut d’hygiène lors de l’affinage. On constate une contamination importante au niveau de la croûte. On retrouve également Listeria monocytogenes dans les produits carnés (contamination de 41 % des viandes hachées surgelées, 32 % des produits de charcuterie crue, 60 % des poissons fumés) ainsi que dans les produits de la mer et les légumes, salades ou champignons. Cette bactérie est un psychrophile se développant à une température inférieure à 4° C, d’où les problèmes pour la conservation prolongée des produits alimentaires. Les autres Listeria retrouvées à plus faible fréquence dans les produits alimentaires appartiennent par ordre décroissant aux espèces non pathogènes pour l’Homme Listeria innocua, Listeria seeligeri, Listeria welshimeri et Listeria ivanovii.
LES MYCOBACTERIACEAE ou MYCOBACTÉRIES
Les mycobactéries pathogènes spécifiques sont celles de la tuberculose et l’agent de la lèpre. Le “complexe tuberculosis” se subdivise en trois sous-espèces : Mycobacterium tuberculosis, bacille de Koch (“BK”), responsable de la tuberculose humaine ; Mycobacterium africanum fréquemment isolé chez les tuberculeux en Afrique de l’Ouest et du Centre est très proche du précédent ; Mycobacterium bovis, pouvant infecter l’Homme et d’autres animaux, est l’agent de la tuberculose bovine. Un mutant de Mycobacterium bovis, le bacille de Calmette et Guérin (“BCG”), est utilisé comme vaccin. Mycobacterium leprae ou bacille de Hansen est responsable de la lèpre, cette dernière espèce n’est actuellement pas cultivable.
De nombreuses espèces de l’environnement ou commensales des animaux, dites mycobactéries atypiques, sont à l’origine d’infections humaines opportunistes. L’une d’elles, Mycobacterium avium, est responsable de la tuberculose aviaire et d’infections systématiques chez l’immunodéprimé (SIDA).
MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS
Minidéfinition : Mycobacterium tuberculosis est un pathogène spécifique de l’Homme agent de la tuberculose. Coloration spécifique par la méthode de Ziehl ou ses dérivés : ils sont dits bacilles”Acido-Alcoolo-Résistants” (BAAR). Culture lente. Tendance à la résistance aux antibiotiques.
ECOLOGIE
Pathogène spécifique de l’Homme, mais capable d’infecter certaines espèces animales vivant à ses côtés (chat, chien, singe, perroquet), Mycobacterium tuberculosis n’est pas présent dans l’environnement sauf en cas de contamination accidentelle par l’Homme infecté. Il est très sensible à certains agents physiques : chaleur, lumière solaire, rayons X ou UV. Il résiste bien au froid et à la dessiccation et peut demeurer vivant plusieurs jours dans des produits contaminés, tels des produits d’expectorations. Il est peu sensible à de nombreux agents chimiques, tels que les acides et bases dilués ou détergents divers. En revanche, il est tué rapidement par l’alcool dilué (alcool à 70°). La dénomination exacte devrait être “à coloration acido et alcoolo résistante” : la résistance à l’action de l’alcool ne concerne donc que la coloration selon Ziehl.
SHIGELLA
Minidéfinition : Les Shigella ou shigelles, sont des entérobactéries très proches des Escherichia coli entéro-invasifs par leurs caractères bactériologiques et la pathogénie de l’infection. Agents d’infections intestinales graves. Potentialités épidémiques.
ECOLOGIE
Ce sont des bactéries pathogènes spécifiques du tube digestif, qui ne se rencontrent que chez l’Homme. Les Shigella sont les agents d’infections intestinales, dont la forme la plus grave est représentée par la dysenterie bacillaire. La transmission est féco-orale à partir des malades ou des porteurs sains.
SALMONELLA
Minidéfinition : bacilles à Gram négatif, appartenant à la famille des entérobactéries. Présence dans l’intestin animal et humain. Pouvoir pathogène spécifique (typhoïde), ou non spécifique (infections digestives). Pouvoir épidémique développé.
ECOLOGIE
ECOLOGIE
Les Salmonella, ou salmonelles, sont très largement répandues dans la nature et leur réservoir s’étend à tout le règne animal, en particulier les volailles. Elles sont présentes dans le tube digestif des malades et des porteurs sains, chez l’Homme et chez les animaux, qui contaminent le milieu extérieur par leurs excreta. Ces bactéries pathogènes spécifiques provoquent des maladies à la suite de l’absorption d’eau ou d’aliments contaminés par des excréments (contamination de type féco-orale). Les salmonelles sont une cause majeure de mortalité infantile dans les pays en voie de développement et constituent un risque permanent dans les pays industrialisés.
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Les bactéries anaérobies strictes sont des bactéries incapables de se multiplier en présence d’air car elles sont très sensibles à l’oxygène. La flore commensale qui nous habite est mixte, bactéries aérobies et anaérobies y cohabitent mais les anaérobies sont dominantes comme le montre le rapport anaérobies/aérobies qui varie de 1 à 1000 selon les sites
. Ces bactéries résidentes peuvent devenir pathogènes si, à l’occasion de perturbations anatomo-physiologiques, elles se multiplient exagérément ou envahissent des territoires normalement stériles. Cliniciens et bactériologistes disposent de certains indices pour suspecter une infection à anaérobies mais ils doivent, tant pour le prélèvement que pour l’analyse, mettre en oeuvre des techniques particulières pour en faire la preuve biologique. Des traitements antibiotiques sont capables d’enrayer ces infections mais, là aussi, certaines pratiques spécifiques s’imposent.
. Ces bactéries résidentes peuvent devenir pathogènes si, à l’occasion de perturbations anatomo-physiologiques, elles se multiplient exagérément ou envahissent des territoires normalement stériles. Cliniciens et bactériologistes disposent de certains indices pour suspecter une infection à anaérobies mais ils doivent, tant pour le prélèvement que pour l’analyse, mettre en oeuvre des techniques particulières pour en faire la preuve biologique. Des traitements antibiotiques sont capables d’enrayer ces infections mais, là aussi, certaines pratiques spécifiques s’imposent.
LES EXIGENCES GAZEUSES DES BACTERIES
La croissance des bactéries est soumise à l’influence de la tension partielle de l’oxygène dans l’atmosphère où elles se multiplient.
On distingue les bactéries pour lesquelles l’oxygène est indispensable, ce sont les aérobies strictes ; celles pour qui l’oxygène est nocif, ce sont les anaérobies strictes et celles qui se développent aussi bien en présence qu’en l’absence d’oxygène, ce sont les aéro-anaérobies facultatives. On peut définir des stades intermédiaires : des bactéries anaérobies qui supportent pendant quelques minutes une tension partielle d’oxygène faible sont dites aérotolérantes ; d’autres qui ont besoin d’oxygène mais sous une tension partielle plus faible que celle de l’air sont dites microaérophiles.
En cultivant une souche dans un tube étroit, on peut révéler son comportement vis à vis de l’oxygène :
si elle ne se développe qu’en profondeur …………………… c’est une souche anaérobie (1)
si elle ne se développe qu’en surface ………………………… c’est une souche aérobie (2)
si elle se développe sur toute la hauteur du tube ………… c’est une souche aéro-anaérobie. (3)
LE METABOLISME ANAEROBIE
Les bactéries anaérobies ne peuvent pas incorporer dans leur cytoplasme l’oxygène moléculaire car elles sont dépourvues d’oxydases. Elle sont de plus dépourvues des enzymes qui contribuent à inactiver les dérivés toxiques de l’oxygène moléculaire : catalase, peroxydase et superoxyde dismutase. Elles sont enfin incapables d’utiliser l’oxygène comme accepteur final d’électrons et tirent donc leur énergie de réactions de fermentation dans lesquels les accepteurs d’électrons sont des composés organiques.
TECHNIQUES D’ETUDE
Les anaérobies ne supportent pas l’oxygène : il faut donc les en protéger dès la sortie de l’organisme et jusqu’au terme des investigations bactériologiques. Ceci impose quelques contraintes techniques.
le prélèvement doit être effectué et transporté à l’abri de l’air et ensemencé le plus rapidement possible.
les milieux de culture doivent être désoxygénés par ébullition juste avant leur emploi (on dit “régénérés”) ou par adjonction de substances réductrices.
les flacons et tubes utilisés sont munis d’un col étroit pour réduire les contacts avec l’air. Après ensemencement, on recouvre les milieux d’une couche de paraffine qui assure l’étanchéité.
l’atmosphère dans laquelle on met les bactéries en culture doit être exempte d’oxygène. On utilise, à cette fin, des “enceintes anaérobies” ou plus simplement des “jarres anaérobies” munies de dispositifs produisant l’anaérobiose.
QUAND FAUT-IL CHERCHER DES ANAEROBIES ?
La recherche d’anaérobies est particulièrement indiquée dans les circonstances suivantes :
dans les hémocultures
si le site infectieux ou le pus dégagent une odeur fétide
dans les tissus nécrosés ou gangrenés
si l’on constate la présence de gaz dans les lésions
dans les infections dont le site voisine les muqueuses buccale, anale ou génitale
dans les infections se développant après ou malgré antibiothérapie (aminosides)
dans les infections consécutives à un intervention chirurgicale abdominale ou orthopédique
dans les infections sur sonde urinaire ou canule de trachéotomie
dans les infections après morsure ou piqûre
chez les immunodéprimés
dans les pus “à grains jaunes” (actinomycoses)
dans les pus d’abcès profonds, pulmonaires, hépatiques , cérébraux
et surtout quand l’examen direct du produit pathologique est évocateur : morphologie d’anaérobies, polymicrobisme ou échec des cultures en aérobiose malgré la présence de bactéries à l’examen direct.
CLASSIFICATION DES ANAEROBIES
COCCI à GRAM POSITIF
Peptostreptococcus
COCCI à GRAM NEGATIF
Veillonella
BACILLES à GRAM POSITIF NON SPORULES
Actinomyces
Bifidobacterium
Eubacterium
Lactobacillus
Propionibacterium
BACILLES à GRAM POSITIF SPORULES
Clostridium perfringens
Clostridium (autres)
Clostridium difficile
Clostridium tetani
Clostridium botulinum
BACILLES à GRAM NEGATIF
Bacteroides (groupe fragilis)
Prevotella
Porphyromonas
Fusobacterium
Groupe V
HABITAT ET POUVOIR PATHOGENE
Certaines bactéries anaérobies strictes survivent dans l’environnement sous forme sporulée et constituent la flore exogène faite essentiellement de Clostridium. Elles deviennent pathogènes quand elles pénètrent accidentellement dans l’organisme par effraction cutanée ou intestinale, y retrouvent leur forme végétative et y produisent leur toxine.
D’autres font partie de la flore endogène (flore de Veillon) et ont pour habitat les cavités naturelles de l’homme et des animaux. Elles y survivent en commensales car elles y sont associées à des aérobies facultatives qui consomment l’oxygène ; elles se comportent comme des opportunistes. Les cocci à Gram positif et négatif, les bacilles à Gram négatif, les bacilles à Gram positif non sporulés et quelques Clostridium constituent cette flore.
Les espèces anaérobies sont pathogènes quand elles se multiplient d’une façon exagérée dans son site normal et y deviennent dominantes mais aussi et surtout quand elles colonisent un organe ou une cavité normalement stérile (plèvre poumons, péritoine, cerveau…). Elles sont presque toujours associées à des aéro-anaérobies facultatives. Elles sont surtout impliquées dans les septicémies, les infections abdominales, gynécologiques ou pleuro-pulmonaires, les sinusites et otites chroniques, les abcès pulmonaires, cérébraux ou intra-pelviens, les gangrènes cutanées ou tissulaires et les syndromes diarrhéiques.
Les facteurs de pathogénicité sont les exotoxines qu’elles produisent (Clostridium), le lipopolysaccharide de leur paroi (LPS), leur capsule les protégeant de la phagocytose, des enzymes favorisant leur diffusion (Bacteroides) ou altérant les fonctions de défense de l’organisme telles que les protéases qui dégradent les immunoglobulines ou les facteurs du complément (Porphyromonas Prevotella).
IDENTIFICATION DES ANAEROBIES
L’origine du prélèvement, son odeur, son aspect microscopique après coloration de Gram montrant une flore polymicrobienne avec des bactéries sporulées ou fusiformes et l’échec des cultures en aérobiose permettent de suspecter la présence d’anaérobies.
La coloration de Gram, l’effet sur la culture d’inhibiteurs tels que vert brillant, bile, antibiotiques, l’aspect des colonies, la recherche de catalase, l’étude de la mobilité permettent une présomption diagnostique de genre souvent suffisante pour assurer le diagnostic clinique et orienter la prescription thérapeutique.
L’identification plus fine est fondée sur des caractères bactériologiques classiques (fermentation des sucres, production d’indole, présence d’enzymes …) qui doivent être recherchés après culture en anaérobiose.
L’analyse des produits organiques terminaux du métabolisme par chromatographie déterminent un “type métabolique” qui caractérise chaque espèce.
Depuis peu, on dispose de techniques rapides ne nécessitant pas l’incubation en anaérobiose. Elles sont fondées sur l’analyse des enzymes préformées. Elles donnent des résultats satisfaisants mais inégaux selon les espèces. Des particules de latex sensibilisées permettent de mettre en évidence Clostridium difficile dans un filtrat de selles.
La biologie moléculaire utilisant sondes nucléotidiques et amplification génique permettent l’identification des espèces pathogènes directement sur le prélèvement sans culture préalable.
La recherche des toxines se fait par inoculation à l’animal (Clostridium tetani, Clostridium botulinum) ou par technique immuno-enzymatique (Clostridium difficile).
EFFET DES ANTIBIOTIQUES
Les infections à anaérobies sont souvent polymicrobiennes, la culture et l’identification des souches est lente et l’antibiogramme tardivement disponible : pour ces raisons, on doit souvent recourir à une antibiothérapie “de première intention”.
Les pénicillines sont actives sur les Clostridium (sauf difficile) les Peptostreptococcus et les Gram + en général mais les Bacteroides et les Gram – sont résistants. Les imidazolés sont très actifs sur les Bactéroides et les Gram -. Les céphamycines, le chloramphénicol, l’imipenem sont actifs. La clindamycine est inefficace sur les Clostridium mais active sur les autres anaérobies.
PEPTOSTREPTOCOCCUS
Les cocci à Gram + anaérobies sont rangés dans un seul genre : Peptostreptococcus dans lequel sont rangées une dizaine d’espèces qu’on distingue par leur sensibilité à la novobiocine, leur équipement enzymatique et leur type fermentaire établi par chromatographie gaz liquide.
Ils font partie de la flore endogène de Veillon et sont des commensaux de la bouche, du naso-pharynx, de l’intestin et des voies génitales. Ils sont fréquemment isolés, associés à d’autres germes, dans les produits pathologiques. Ils sont en cause dans des infections variées, cutanées, bucco-dentaires, pleuro-pulmonaires, génito-pelviennes ou péritonéales.
Ils sont très sensibles à la pénicilline G, aux cephamycines, aux carbapénems et chloramphénicol. Les résistances aux C1G, aux C2G, à la clindamycine et aux nitroimizadolés deviennent plus fréquentes.
VEILLONELLA
Ce sont des cocci à Gram – appartenant à la flore de Veillon qu’on trouve surtout dans la cavité buccale. Ils sont sensibles aux antibiotiques à l’exception de la vancomycine.
BACILLES à GRAM POSITIF NON SPORULES
Ils forment un vaste groupe dans lequel les différentes espèces sont différenciées par leur équipement enzymatique et par leur capacité à produire des acides volatiles.
ACTINOMYCES
Ce sont des bactéries de forme filamenteuse parfois confondues avec des champignons commensales des flores buccale et digestive.
Actinomyces israeli occasionne des abcès siégeant le plus souvent dans la région cervico-faciale caractérisés par la présence, dans le pus, de grains jaunes dits actinomycosiques.
Pénicilline G, tétracyclines, chloramphénicol et macrolides sont actifs mais un drainage chirurgical est souvent nécessaire.
BIFIDOBACTERIUM
est un hôte normal de la flore intestinale des nouveau-nés nourris au lait maternel.
EUBACTERIUM
Eubacterium lentum est un pathogène opportuniste isolé au cours d’infections respiratoires.
PROPIONIBACTERIUM ACNES
Commensal de la peau, il est un contaminant fréquemment trouvé dans les hémocultures. On le rencontre, presque toujours associé à d’autres germes, dans les boutons d’acné et parfois dans des infections plus graves telles que méningites, ostéomyélites ou endocardites.
Il est résistant aux imidazolés mais sensible aux bétalactamines.
BACILLES à GRAM POSITIF SPORULES
Ils constituent le genre Clostridium comprenant de nombreuses espèces pathogènes et appartiennent à la flore tellurique. Leur morphologie est assez reconnaissable au microscope. Ils produisent beaucoup de gaz et les caractères bactériologiques (fermentations des sucres, production d’indole, lyse de la gélatine et production d’acides volatiles) permettent de séparer les différentes espèces.
CLOSTRIDIUM PERFRINGENS
Il produit une puissante toxine hémolysante et nécrosante.
C’est un saprophyte ubiquitaire et un commensal du tube digestif mais peut être la cause, avec d’autres anaérobies, de gangrènes gazeuses qui compliquent les blessures souillées de terre (traumatismes de la route, plaies de guerre) et plus rarement les plaies opératoires en chirurgie digestive ou vasculaire.
Il est responsable de septicémies post-abortum sévères, devenues rares aujourd’hui, ainsi que de toxi-infections alimentaires collectives, souvent bénignes.
Le plus efficace des antibiotiques est la pénicilline G.
CLOSTRIDIUM DIFFICILE
Présent dans le tube digestif de sujets sains, il voit sa multiplication contenue par la présence d’autres bactéries. Si celles-ci sont éliminées du tube digestif à cause d’un traitement antibiotique, le champ est libre pour le développement de Clostridium difficile.
Il produit deux toxines dont une entérotoxine responsable de la survenue de colites pseudo-membraneuses après traitement antibiotique. Le diagnostic biologique est fondé sur la recherche de la bactérie dans les selles et sur la mise en évidence de la toxine.
Vancomycine (qui est le traitement de choix) et métronidazole sont actifs sur Clostridium difficile mais les autres antibiotiques sont inefficaces.
CLOSTRIDIUM BOTULINUM
Produit une toxine thermolabile neurotrope dont il existe 7 types antigéniques : A, B, C, D, E, F et G.
La bactérie survit dans le sol sous formes de spores. On l’isole sur des fruits et légumes ainsi que de l’intestin des animaux.
La maladie humaine (botulisme) est due à l’ingestion de toxine préformée dans l’aliment en conserve ou semi-conserve (jambon, asperges, poissons). Elle occasionne des troubles digestifs, oculaires et des paralysies. On décrit de rares cas secondaires à l’élaboration in vivo de la toxine après souillure d’une plaie par la bactérie. Le botulisme infantile, très difficile à reconnaître, est dû à la production de la toxine dans l’intestin colonisé par la bactérie. Le diagnostic repose sur la mise en évidence de la toxine par inoculation à la souris dans l’aliment ou dans le sérum du malade. L’isolement du germe est difficile, fastidieux et sans intérêt. Le traitement fait appel au sérum antitoxique.
CLOSTRIDIUM TETANI
ou bacille de Nicolaïer est l’agent responsable, par sa toxine, du tétanos.
Sa morphologie en tête d’épingle, due à la présence d’une spore terminale déformante, est caractéristique. Il résiste dans le sol sous forme de spores.
Chez l’homme contaminé à l’occasion d’une blessure, même minime mais souillée de terre, la toxine s’élabore et cause la maladie, caractérisée par une tétanisation de tous les muscles nécessitant curarisation et réanimation respiratoire et métabolique. Le diagnostic de la maladie est essentiellement clinique.
Une excellente prévention est obtenue par la vaccination mais la maladie n’est pas immunisante.
BACILLES à GRAM NEGATIF
Ils sont classés en 5 groupes selon différents critères : effet inhibiteur de la bile, effet inhibiteur du vert brillant, formation de pigment noir sur gélose au sang laqué, fermentation des sucres et production d’acide butyrique.
BACTEROIDES groupe FRAGILIS
On y distingue plusieurs espèces : fragilis, thetaiotaomicron, distanosis, vulgatus, ovatus et uniformis.
Ce sont des germes de l’intestin, où on les trouve à raison de 109 germes par gramme de selles.
Ils sont la cause de la moitié des infections à anaérobies et donnent lieu à des manifestations diverses : pleuro-pulmonaires, péritonéales, gynécologiques, pariétales ou septicémiques.
Les Bactéroides produisent des bétalactamases qui inactivent les pénicillines et céphalosporines à l’exception des céphamycines.
Les produits les plus actifs sont le métronidazole et ses dérivés ou la clindamycine.
PREVOTELLA
Parfois pigmentées en noir et glucidolytiques, ces bactéries, hôtes normales de la bouche, sont souvent responsables d’infections pleuro-pulmonaires, ORL et gingivales mais également pelvi-péritonéales.
PORPHYROMONAS
Bactéries pigmentées en noir sur milieux au sang laqué mais non glucidolytiques.
Elles donnent lieu à des infections bucco-dentaires.
FUSOBACTERIUM
Font partie de la flore de Veillon. Fusobacterium necrophorum est responsable d’infections buccale et pulmonaire et de septicémies. Associé à un spirochète, il est en cause dans l’angine fusospirillaire de Vincent.
Les antibiotiques actifs sur les anaérobies (bétalactamines, métronidazole, chloramphénicol, érythromycine) sont généralement efficaces, mais quelques souches résistent aux bétalactamines.
